昨年の6月、個人で行きました

質問者さんが行かれる予定の場所、全て昨年の個人旅行で行きました。
もうたくさんの方が回答されていますが、一意見として参考になれば…

1、エミタージュ美術館
日本からネットで1日券を購入しました。ネットのチケットを持っている人は入口が違うので注意してください。
白夜のハイシーズン中ですらほぼ並ばず入場できたので、GWでも同様だと思います。
美術や建築に興味のある方なら、3日くらいいても飽きないと思いますが1日でも楽しめます。
2日あるなら、1日をエルミタージュ、もう1日をロシア美術館にするのはどうでしょうか？

2、血の上の救世主
3、イサアク大聖堂
アクセスしやすい場所にあるので空き時間に回れます。
ついでにカザン聖堂（現役の祈りの場）もセットで見るとおすすめです。
個人的にはイサク聖堂が好きです。展望台は体力と余裕があればで大丈夫です。

4、トロイツキー大聖堂
すみませんがあまり記憶がありません…行ってないかも？

5、ペトロパブロフスク
6、カテリーナ宮殿
鉄道とバスで回れます。カテリーナ宮殿は日本でチケットを購入して行く必要があります（枚数少ないので結構前から購入しといた方がいいです）
どちらも広いので、ツアーでなく個人でゆっくり回るのが好きですね。

7、ペテルゴフ
エルミタージュの裏から船で行けます。アイス片手にのんびり回れます。

SIMはペテルブルクなら簡単な英語で大丈夫です。
総菜屋よりも安食堂（スタローバヤ）の方が無数にあり、利用しやすいです。
マルシルートカに乗らなくても、バスやトラムだけでメジャーな場所の観光は十分です。（地下鉄はエスカレーターが異様に長いのがダルいです）