大丈夫です。安心してください。

以前ラスベガスに宿泊した際（当時アラジン、現プラネットハリウッド）
ホテルのサイトから直接予約しましたが、
同様に1泊分の宿泊料が予約時にカードにチャージされていました。
これももちろんキャンセル可能な予約でした。

例えばエクスペディアでキャンセル可の予約をする場合も、
予約時に全額日本円で決済するケースもあれば、
現地で支払いのオプションが選べるところもありますよね。
キャンセル可の予約であれば、支払い済みの金額が返金されるだけです。

トピ主さんの場合も、万が一48時間以前にキャンセルの場合は、いったん支払った金額が返金されます。
またチェックアウト時の請求は、総額とすでに支払い済みの金額の差額になるはずです。

予約保証のやり方は様々で、このホテルのように1泊分先に支払うことで保証したり
カード番号だけで、予約保証するところもあります。