午前0時でもStrasbourg駅前に宿泊は可能だが、

フランクフルト空港からケルンに向かうのが順当だろうと思います。

Strasbourgに宿泊したい場合の情報を以下に記述します。

まず、ルフトハンザのサイト（Strasbourg方面のバス）
http://www.lufthansa.com/online/portal/lh/fr/info_and_services/from_to_airport?nodeid=3166892&l=fr

Strasbourgのバス停の表記は
0:00着　　Boulevard de Metz - Gare　　これはStrasbourg駅前広場の南端に接続している大通りです。Gareは駅の意。（終点まで行く前に、駅前に停車すると言うことです。このバスに乗ったことはありませんが。）

0:15着　　Hôtel Hilton - Avenue Herrenschmidt　ヒルトンホテルは駅より2kmほど北に位置しています。

ヒルトンホテルに泊まりたいのでなければ、駅前の方がいいでしょう。半円形の駅前広場を取り囲んでいる建物は半分ぐらいがホテルで、値段もリーズナブルなものから比較的値の張る物まで5～6軒ぐらいはあります。
比較的南の方を予約すれば、バスから降りてあまり歩かなくてすむと思います。

駅前の地図　http://p.tl/LGnM　
ストリートビューを見れば、駅に向かって広場を挟んで半円形にホテルが並んでいるのがわかります。


以前、飛行機でStrasbourg空港について都合で遅くなり、0時頃駅前の広場に面した、予約しておいたホテルに入りました。
さすがに人通りはありませんでした。駅前はあまり明るくないが、フランスの駅前の普通の明るさでした。
私の予約したホテルはガラスドアの鍵を掛けていたので、ブザーを押して開けてもらったりしました。遅いと一応鍵を掛けたりするホテルがあるようなので、到着時間を0時半ぐらいに指定しておいた方がいいでしょう。


ドイツのことは詳しくないのでコメントは差し控えます。