タイトルと内容からするとスイスに関する質問ですよね。(^^;

> スイスレイルパッケージでツインのホテルまで付きのピッタリの行程が見つかり旅行会社から申し込もうとしているのですが－￥６０４００、セーパー２等が２６６００×２の場合－直接申し込んだ方がお得ではという気になってきて、さらに、わずかのお得といってもお手製の割安ホテルや、私一人はフランスのスイス近郊へ足を延ばすのでフランスとスイスにまたがる鉄道が安くあるかなという疑問がわいてきました。

　そして、あまりに一文が長くて意味が良くわかりません。
　その割りにどんなツアーなのかの情報が不足しています。(;_;)

　「スイスレイルパッケージ」というのは何処かの会社さんの現地発着のパッケージツアーの名称なんですよね。きっと。(^^;
　何泊何日のツアーなのかがわかりません。
　また、氷河特急は何処から何処までの乗車なのかがわかりません。
　更に、それ以外の交通機関の利用が有るのか無いのかがわかりません。
　宿泊は何処の街なのか、何星のホテル利用なのかがわかりません。
　「セーパー２等」という話しをされていますが、ツアーにスイスセーバパス2日が付いているのかどうかがわかりません。

　といった感じで『詳しい方教えて』と言われても実質「氷河特急に乗る現地ツアー、料金60,400円」という情報しかないので、順ヒロインさんがご自身で比較検討されるのに必要と思われる情報を以下に記します。

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・氷河特急のサイトは以下で、クレジットカードを使用して予約できます。座席の指定もできます。

　　　　http://www.glacierexpress.ch/（英語表示もあります）

・スイスセーバーパスなどの詳しい情報は以下のスイストラベルシステムのサイトにあります。
　パスの適応範囲を示した地図のPDFファイルも置いてあります、
　なお、パスはスイス内では空港駅や主要駅でのみ購入できます。

　　　　http://www.swisstravelsystem.com/（英語表示もあります）

　日本で円建てで購入されるのでしたらレイルヨーロッパのサイトが便利です。
　「安く」ということでしたらスイスフランの為替レートを見て決めるとよいです。

　　　　http://www.raileurope-japan.com/

　ちなみにこのサイトで見ると26,600円という2等のスイスセーバーパスはありません。4日の25,700円なのかな？？

・ホテルはBooking.comやHotels.comなどのホテル予約サイトでの料金を見てみるとよいです。
　以下に示しますグリンデルワルト日本語観光案内所さんのサイトにあるホテル情報も参考になると思います。

　　　　http://www.jibswiss.com/