問題（制度的には）ありません

国によってはできない場合もある
（何処かな？と思いながら書いている）
のですが、日本人＋トルコなら問題ありません。

次に現実問題。

TK 47 KIX 2230 IST 0535*
TK 8073 IST 1405 ZRH 1620
LX 4222 ZRH 2110 TLV 0205*
でしょうか？
本当に一気にでしょうか？？

TK 1907 IST 0830 ZRH 1030
LX 4220 ZRH 1240 TLV 1735
には敢えて乗らずに。

時間的にも可能です。

>入国、出国検査でトラブったり

これは、安全圏から一度出る訳ですから、無いとは言えません。
リスクは出入国の手続きではなく、入国後の足取り。
道に迷う程度なら、可愛いもので、命＋パスポート＋現金、大切なもの全てを持っている
ので、ひとつでもなくしたら最悪。また、行けばわかりますが、イスタンブールは
人口や都市の規模に社会基盤がついて行っていない典型都市。慢性渋滞です。
戻ろうと思ったら、身動きが取れなくなっていたとか。

後は、深夜、早朝着って、着いたときは凄く元気です。でもすぐに猛烈な睡魔が
襲ってきたりします。バスに乗ったら気持ちが良くて、気がついたら全く知らぬ土地。
しかも身ぐるみも剥がされている・・・。バスは多分乗らないでしょうが（空港バス
以外）、ベンチでうとうとはあり得ます。

先も長いので、体力を考慮して行動しましょう。