三カ所だけか、他の都市にも行くのか

さらに、時間をきっちり決めるのか、足の向くまま気の向くままなのか
によっても変わります。

前者でしかも時間が固定できるのならば、
フランクフルトからケルン往復は9月29日で探したら、二人で往復予約料金込みで
68ユーロ（全て二等）。ミュンヘン片道は、安いもので二人で54ユーロ。
プラハはDBで買った場合、これは列車による変動が大きいのですが、探した日の
最安値は58ユーロ。ICE+BUSですが、5時間なので、そうわるくはない。

後者（他にも行く、しかも時間に縛られずに）の場合は、パスでしょう。
2等二人で三日、四日、五日、六日が258 280 300 332ユーロです。
プラハは途中までしか使えないので、プラスα。ケルン往復で一日。
フランクルト周辺、またはミュンヘンに行く途中で一日何処かで潰すとか
で三日券となると思います。

後は、両者を天秤に掛けてみてください。

バラバラに買うと高いというのは、ノーマル切符のことだと思います。
一方、割引き切符は、指定された列車だけにしか乗れませんので、
気が変わったとかいう場合には困ります。しかし、短時間でしかも
新婚旅行ともなると、そう無計画にはならないはずなので、
ケルン往復とミュンヘンへの移動、さらに、プラハへの移動を決めて
しまえば良いので、楽と言えば楽です。

行く前の食事、行った先でのホテルのチェックイン、その後の時間等を
考えると、朝出て、昼過ぎ、遅くとも夕方までには次の都市というパターンが
一般的だし、安全面でも良いと思います。

6日券でも買って、一日中動きまわるというのも、それはそれで面白い。
鉄道好きには、ドイツ鉄道ファンも多いことだし。また、パスの一日分で、
片道船（途中まで）、片道ICEでケルンもありです。
別の日に、一日掛けて別の都市に（ベルリンでも行けなくはないのですが・・）。
さらにミュンヘン移動に三日目を使う。プラハ移動は、割引き運賃で行くと
いうのもありでしょう。