どちらもYHがお勧め

プラハは英語が余り通じないロンドンとお考えになるといいかと。治安も同じくらいかと。スリには注意ですが。
チェスキーはもっと安心です。英語はイマイチですが、治安がいいので心配要りません。日本語ができない外国人が一人で日本を旅する感じです。多少言葉で苦労する程度で十分安全に旅できると想像できるでしょう。
旧市街ど真ん中にあるトラベラーズホステルYHがお勧めです。３００コルナです。

プラハはエクストールインYHの個室(シングル)が４５０と安くレストランもすばらしいです。プラハの安宿では一番だと思います。２軒とも画像をご覧下さい。多分すぐ予約したくなります。
プラハ着が夕方以降でなければ先にチェスキー泊のほうがいいかと。

YHは　http://www.hihostels.com　で検索、オンライン予約できます。