リマの空港で！

リマの空港で直接航空会社のチケットカウンターで買われてはどうでしょうか？
ペルーのリマ自体けして治安がいい町とはいえませんので・・
またペルーにもH○Sのようないい加減な旅行会社はありますよ
実際私の場合この、クスコーリマーチュンベス（国内線）国境を越えてからバスでキトというルートで旅しました経験があります
バスもペルーよりはエクアドルの方がボロですが、エクアドルは治安が悪いとは感じませんでしたよ
あなたの場合は女性ですので、地元のオバサンの隣にバスでは座るなどして安全確保に努めてみてください！
女性が安全に旅するためには地元の女性を見方につけるのが得策ですので・・