Re: 夜12時、イスタンブール空港到着の市内移動とホテル

①市内への移動手段

12時到着とのことですので、イミグレーションを出る頃には、地下鉄などが終わってしまっているかもしれないですね。もし、地下鉄が動いているのであれば、特に危なくはないと思います。
ただ、いずれにしろアクサライで乗換えが必要ですし、そこからタクシーになってしましそうです。

お金に問題がないのであれば、タクシーがいいのではないかと思います。

②ホテル深夜着

多くのホステルでは夜中でも対応してくださる場所が多いです。
下記のようなサイトで、深夜チェックインの確認をしておく(24hレセプションか否か)のも良いと思います。予約しても良いですし。

http://www.japanese.hostelworld.com/index.php

※Tree of Life という日本人宿でも、送迎と深夜チェックインは可能ですが、きれいではないので・・・。