航空会社によって違います

皆さんが仰るように予約クラスですので、乗ってしまえばすべて
同じ(UAなどのようにエコノミーでも上等な席がある場合を除く)
です。

席の予約も、航空会社から直接購入するほうが可能である場合が
多いのですが、直接販売していないクラスもあるし、顧客優先
(FFP上級会員に限るとか)、直前なら可能とか様々です。一般的
な決まりはなく、エアラインが独自に決めています。

マイレージ加算率は複雑で、ころころ変わります。極端な場合、
ノーマルエコノミーのみが100%であるところから、ほとんど全て
のクラスで100%まで様々。

マイラー(マイレージの虜とも言えなくもない)にでもならない限
り、加算率をあまり気にする必要もないでしょうが、予約変更等の
自由度とか、アップグレードの可能性とか、予定が狂った場合には
効果を発揮します。後は、予約の取りやすさでしょうか。