ペナンにも行くかどうかで２案

バンコク3日（市内2日、アユタヤ日帰り1日）、KL半日、マラッカ半日、シンガポール2日、移動（飛行機、バス、列車分）1日の配分がいいと思います。KL→マラッカはバス、マラッカ→シンガポールはバスでタンピン+列車が変化があっていいかと。
マラッカはペナン島（ジョージタウン）とセットで一つの世界遺産なのでペナン島にも行くなら、バンコクから空路ペナン、その後空路KLで。ペナン1日の分は余りみどころがないシンガポール1日減で。