では、ヒマラヤは次回に回しましょう

カトマンドゥ盆地については、歩き方の綴じ込み地図を参照してください。
カトマンドゥステイ2.5日だと盆地から出る事はまずありませんので、滞在中の交通に不便を感じることはまず無いと思います。
バンダについてですが、私の時はまったく問題はありませんでした。が、今度どうなるかは保障致しかねますので、外務省海外安全ホームページ等をチェックしていかれることをお勧めします。
引ったくりは聞いたことがないなぁ・・・。よく聞くのはスリ、置き引きくらいでしょうか。盗難は、主にバスや飛行機に荷物を預けるときですね。

空港から市内へのタクシーはチケット制になっており、空港を出てすぐ右側にカウンターがあり、タメルまでならRs300です。
道路まで出ればメータータクシーを拾うことも不可能ではありません。
市内から空港までは、Rs200程度が相場のようです。深夜早朝は+50ほど割り増し請求されることもあります。
チケットタクシーの古さは特筆モノで、昭和53年(1978)の排ガス規制以前のカローラが現役だったりします。ボロボロですが。

観光について何点か・・・。
>到着した日は午後からフリー、中2日フリー、帰国日は朝ごはん食べて散歩したら空港へ向かわないといけない感じのスケジュールです。
という事は、タイ国際航空をご利用のようですね。それならホテルに入って荷物を置くと、恐らく14～15時頃になると思います。
その時間からパタンやバクタプルへ行くのは少々時間が足りないので、初日はタメルからアサン、インドラチョーク、ダルバール広場あたりを廻るのが良いかと思います。
スワヤンブナートへ行かれるのも手ですが、あのストゥパの背景は青い空が似合うと思うので、個人的には午前中早くに行くことをお勧めします。
タメルからパタンまではおよそ5km、メータータクシーだとRs100前後です。行きは一方通行の事情で少々遠回りになります。日中なら10分程はかかると思います。
交渉する場合は、これを目安にされると良いかと思います。
パタンへは、バスやマイクロバス、テンプーで行くとRs10以下と非常に安上がりですが、ダルバール広場以外で降ろされると、初めての方では少々迷うことになるので、あまりお勧めしません。
バクタプルへはミニバスが便利です。所要45分～1時間程度、エクスプレスバスなら30～45分程度。
パタン、バクタプルとも、1日かけてゆっくり見物する価値がありますが、大急ぎで廻れば、2箇所を1日で廻ることも可能です。
その場合、バクタプルへ先に行き、帰りのバスで途中で降ろしてもらい、そこからタクシーを使うと効率が良いでしょう。
車掌に「パタンに行きたいから途中で降ろしてくれ」と頼んでおけば、空港滑走路の南側あたりか、エベレストホテル周辺で降ろしてくれるはずです。
キルティプルは、パタン、バクタプルに比べて地味ですが、その分外国人が少なくマッタリ出来ます。欠点はカフェが無いことでしょうか。
パシュパティナートとボダナートは同じ方面なので、セットで廻られると良いでしょう。
バクタプルとキルティプル以外は、簡単にタクシーが捕まりますので、タクシーで素早く廻るのが効率が良いでしょう。

最後にトイレについて。ホテルや外国人向けのカフェ以外には存在しないものと思ってください。市内に公衆便所はあるにはありますが、とても使えた状態ではないので、当てにしてはいけません。
また、ホテル以外では「紙」を流せない所が多く、備え付けられていない事も多いので、注意が必要です。