プラハで2時間？　その3倍以上滞在可です。

＞国際急行列車がほぼ２時間サイクルを知らないのでしょうか。

知ってますがそれが何か？　国内線は1時間サイクルが多いのも。

＞プラハの観光時間は２時間でしょうか？

何を寝ぼけたことを。7時間弱いましたよ。私のアドバイスはすべて体験に基づいたものしかしません。
2年前にミュンヘン7時15分→プラハ11時53分、滞在7時間弱。プラハ18時42分→ミュンヘン22時20分でトライしております。
ごく一般的なツァーバスでパリからモンサンミッシェルに日帰りする程度の強行軍ですから1日くらい問題ないでしょう。
プラハ本駅→旧市街広場→カレル橋→プラハ城→ロレッタ教会→ストラホフ修道院（ここまで歩き）→本駅と必訪5カ所ちゃんと観光もできました。
ケルンからはブリュッセル、ミュンヘンからはプラハ日帰りが早割も真っ青な、ジャーマンレイルパスの最も、安く上手な利用法だと思っていますから提言したしだいです。