上海での乗り継ぎ

＞この夏も、CDGも経由する上に、その前に上海も経由するため、なんとか対策したいと思っています。

＞国内→上海（中国東方航空）　乗り継ぎ時間５時間
＞上海→パリ（エールフランス）乗り継ぎ時間３時間
＞パリ→プラハ（チェコ航空）　の予定

との事ですので、上海での乗り継ぎが上海虹橋-上海浦東でない限りは、荷物を一度受け取り再度チェックインする必要はありません。
中国東方航空（MU）のウェブサイトによると、MUからAF（エールフランス航空）への上海浦東での乗り継ぎ時には荷物をスルーチェックインできると書いてあります。
http://sg.ceair.com/en/transLuggage.html

乗り継ぎの時間的には問題ないでしょうが、積み忘れのリスクはいつでもありますしこればっかりはどうしようも有りません。
よく言われることですが、目立つスーツケースは積み忘れ時に発見されやすいです。
黒い生地のスーツケースなどは使っている人が多いので、見つけるのが大変なようです。
ちなみに、受託荷物に張る小さなバーコードタグは大きな荷物タグが何らかの理由で取れてしまった時のための保険のようなものです。