ANAもしくはルフトハンザからWowAirへの乗り継ぎは

羽田→フランクフルト→WowAirなら百パーセント確実に受託荷物のインターラインが出来ませんので、
フランクフルトの空港で一度荷物を受け取った後にWowAirのチェックインカウンターで預ける必要があります。

ということであれば、市内に出ようとするのはやめておいたほうがよさそうですね。