問題ありません。

毎年ドイツとエーゲ海の島を行き来してます。

オリンピック航空で預けた荷物はフランクフルトまで行きます。

アテネ空港ではシェンゲン内の乗り継ぎなので保安検査はありませんのでゲートへの移動だけです。
ゲート番号を確認後フランクフルト行きのゲートまで行ってください。

中東からの不法移民対策で3年前からギリシャからの乗客はフランクフルト到着後、ターミナルに直接着いているにも関わらずバスに乗せられ特別なゲートで身分証明チェックが行われます。
日本人は質問もされず顔パスですが、その為30分位余計に時間がかかるのでその後の予定を立てる場合は注意してください。