フェズ経由なら

1日目：日本出国
2日目：ムハンマド5世空港→フェズ　夜着　　フェズ泊
3日目：フェズ→シャウエン→フェズ　　フェズ泊
4日目：フェズ発砂漠ツアー
5日目：砂漠ツアー
6日目：砂漠ツアーからマラケシュ着　マラケシュ泊
7日目：マラケシュ観光　　　　　　　マラケシュ泊
8日目：朝マラケシュ→　ムハンマド5世空港（送迎利用で3時間くらい）
9日目：日本着

＊砂漠ツアーは体力を使うと思うので　先にシャウエン観光のほうが良いのでは。
＊フェズ、マラケシュそれぞれ2連泊なのであわただしさが軽減するのでは。