同じターミナル3、通しのチケットであれば大丈夫です。

2017年 2月に日本からマニラ国際空港に到着、ターミナル 1で入国審査および両替をしてターミナル 2に移動しました。ターミナルが離れているうえに、連絡のバスの時刻が変更になり不安を覚えました。

今回はターミナル間の移動がなく、通しのチケットですので乗継ぎは大丈夫だと思います。ただし到着便が大幅に遅延しない前提です。