ご質問の後半部分だけ

昨年9月にサンペドロデアタカマに行きました。
ウユニから入っていないので、前半部分はわかりません。

私たちの時はカラマ空港に朝着いてバスで出発したのが9：30頃、アタカマのホテルに着いたのが11：20頃なので、2時間近くかかってます。
復路も同じくらいかかった気がします。
ちなみに、ホテルで客を次々とピックアップしてから空港まではノンストップでしたし、私たちのホテルは空港から最初にドロップで、戻りは最後にピックアップだったので、タクシーと時間はほとんど変わらないと思います。
月の谷は、到着日に行きました。
15時くらいに出発して、アタカマに戻ったのは20時くらいでした。ツアー会社で多少は違うものの、サンセットを見るツアーがほとんどかと思いますので、戻りはあまり変わらないのではないでしょうか。日没時刻に左右されるかもですが、9月と3月ならあまり変わらないかも知れません。

23時半のフライトであれば、ツアー終了直後にタクシーで急いで空港に向かって、なんとかぎりぎり・・・という感じで、個人的にはお勧めしません。
ちなみに、月の谷ツアーが疲れるかどうかは、ツアーの盛り込み具合と個人差があるので何とも言えないのですが、私は全く平気でした。（長時間歩くのは平気なほうですので、保証は致しかねます・・・。）
ご参考まで。