状況違うかもしれませんが、

今日ガラパゴス(サンクリストバル)→グアヤキル乗りましたが、その飛行機はキトにも向かうらしく、キトに向かう人達はそのまま飛行機に残り、私含めて数名の乗客はグアヤキルで降りる形でしたよ。なので同じ飛行機会社だったわざわざ乗り換えというのはないかも？