それなら、やっぱりウイーン？　それとも3都周遊しちゃいますか？

ウーン！　行けない可能性もあるのですね。

それなら今行きたい街NO１，２に行くべきでしょう。すべて塞翁が馬ですから。まず国という概念は捨ててください。
距離感を別にすれば、京都府（オーストリア）、奈良県（チェコ）みたいなものなので。
ウイーンもクルムロフもプラハからの往復所要時間は大差ありません。
重要度はウイーン、プラハ、クルムロフの順ですから、双璧をまず見て、次回、行けることがあればチェコの地方（クルムロフ、テルチ、カルロビバリなど）一周という方法も。

クルムロフは小さいし、見どころは城くらいなので初日、クルムロフに直行し、１６～20、21時観光。2日目朝一番のバスでもどれば、プラハもウイーン以上の１０～20、21時までの10～11時間観光可能です。

迷う方にはこれがベストかも。