プラン①でしょうね

他の方が仰ってる通り、クスコよりマチュピチュの方が標高低く、高山病は海抜3000m以上から酷くなりますが、マチュピチュはそれ以下ですので、あまり心配する必要は無いと思います。
ただし、高山病が無かったとしても、長時間の飛行機移動、時差ぼけ等でかなり疲れていると思います。
ワイナピチュに登ったことありますが、最後の方はかなりの急高配を正に「よじ登る」ので、体調管理は十分注意して下さい。
ストッパー付き軍手を忘れずに。重宝しました。
後、体調が良くても天気が悪い可能性があります。ペルー人の友人は3回マチュピチュに行きましたが全て曇りでマチュピチュ全体、ワイナピチュからの眺めは雲だけでした。僕の時は快晴で物凄く羨ましがられました。こればかりは運なので祈るしかないですね。