普通の東南アジアの町と変わらないです

夜遅くなってから、一人で、人気の無い所には行かないとか、いかがわしい所に近づかないとか、基本的なことは気にしてますが、マニラを含めて、フィリピンで怖い思いをしたことは有りません。

イントラムロスの周辺は、貧しい人達の居住区なのか？
殺伐とした感じですが、観光スポットですから、昼間なら大丈夫じゃないでしょうか？
教会とか、高級ホテルも、遠くないところにありますし。
マラテ、エルミタは、中級ホテルも多いし、地元系デパートもあって、中流旅行者が活動しやすい地域。
浮浪者が寝てることはあるけど、動物園や水族館もある地域なので、物騒てことは無いと思います。
モールオブアジア周辺は、人も多いし、暗くなってから、うろうろしても、怖くないです。
モールオブアジアが閉店した後は、分かりません。
どこから歩くのか分からないですが、モールオブアジアとライトレールの駅近までは、ジプニーが大量にいます。
道を歩いてたら、ジプニーが近寄って来るので、行先を確認して、乗ったらいいと思います。
運賃は、忘れましたけど、高く無いはず。

スリ被害の経験は無いですが、タクシーに乗車中に「メーター料金＋〇〇ペソ、払ってくれない？」みたいなことを言われたことはあります。
騙し取られたわけじゃないので、ぼったくりに当らないかも？
タクシーの扉の内側とかに、記号番号が書かれてる（手書き）と思いますが、その番号で車が特定できます。
何か酷い目に遭って、タクシー会社に苦情を申し入れる時は、この番号を控えておくといいです。