Luggage Storage　ありますよ

Luggage Storage（荷物預かり）あります！　
コインロッカーのようなものではなく、有人の施設です。

こちらの記載にある通り、the same premises down the escalators at the main exit of Terminal A arrivals, on Basement Level 1, going towards the Parkade 2 (South)です。

http://www.whyjoburg.com/airport-service-luggage.html

URL先記載の通り、現金のご用意を。物価を考えると少々お高めですが、荷物を預ければ機動力が上がりますものね。

こちらの空港地図もご覧ください。ターミナルAの１階を、
空港から鉄道・ハウトレイン駅へ出ていく手前あたりを地下１階へ降りた辺りです。
地下駐車場が見えると思います。

http://ortambo-airport.com/airport/map.php

物騒と言われるヨハネスブルグにあっては、空港内はまだ落ち着ける方です。
空港内で怖がる必要はありませんが、念のため周囲にはお気をつけて。