それぞれの人の好みによりますが

タシケントとブハラだったら、ブハラの方が昔の面影があるので、そちらの滞在時間が長い方が良いと思って、後者の方を例で示しました。ブハラを前に持ってきて夜行列車で行くと時間を使ってしまうので日程が組みにくくなりませんか？
あと示されたプランですが、自分だったら6日目にビシュケクを素通りしてチョルポンアタまで行くようにします。イシククル湖は平山郁夫が憧れたシルクロードを実感できる場所なので、日帰りではもったいないと思うので。
ウズベクはトルコやイランに似てイスラムの文化を感じられるのに対し、カザフやキルギスは中国の奥のアジアという感じで、雰囲気が全く違って楽しめると思いますよ。（ウズベクの暑さには気を付けて）