基本はすべて新市街のバスターミナルからです

4，5年前に行ったので情報が古いかもしれませんが、長距離バスは新市街のバスターミナルから出発します。
当時の記憶ではコトルからプリトビッツェ行きはないはずです。今も検索で出てこないので、ないのではないでしょうか？

ドゥブロブニクの新市街での移動は近距離の市街バスです。多くはこのバスターミナルに止まります。ドゥブロブニクは高低差のある街なのでターミナルのある一番低い箇所から山に登って一周する感覚です。私のホテルは向かいの山の上にあったので行きは一つ目のバス停でしたが、帰のホテルへは終点でした(笑)　ドゥブロブニクでの街の移動の目印となるバス停は旧市街入口（確か空港バスも止まります）とこのバスターミナル（長距離）と考えてください。

コトルはそんなに見るところがないので早朝便で行って日帰りもありかと思いますが。またドゥブロブニクからプリトビッツェはかなりの距離になりますのでスプリットで一泊するのも視野に入れておいたほうがいいかもしれません。本当に時刻通り着きませんし...（最後のプリトビッツェからザグレブまでは短かったので早く着きましたが）　当たり前ですがコトルは異なる国なのでバスの中でのイミグレーションとなります。またスプリットへは飛び地（ボスニア・ヘルツェゴビナ）がありますので、そこでもイミグレーションが必要になります。パスポートを運転手に渡してください。日本人は何ら問題なく返ってきます。問題は中東系で、中には降ろされる人もいました。

あまり参考にならないと思いますが、少しでも足しになればと思います。