妻籠もいいけど一番は奈良井を推します

＞ネルトリンゲンはほぼローテンブルクと同じですからどちらか片方でもいいかと？

まったく違います。

妻籠～馬篭は歩くのが苦手な方を除き誰でも簡単に歩けますから、
名古屋を朝出て妻籠泊だけでもいいですが、藤村フアンなどで馬籠もゆっくり見たい方は馬籠に泊まり、午前観光、午後歩いて妻籠へ。観光（疲れたら翌日）。妻籠泊もあり得ます。

木曽路で妻籠に匹敵あるいは凌ぐのは奈良井ですよ。ローテンブルク＝妻籠、ディンケルスビュール＝奈良井といわれるくらいですから。ですから妻籠、奈良井の2泊が正解でしょう。

ローテンブルクら珠玉の街3つはいずれも半日で十分なのですが、ヨーロッパパスは1日1本ゆえ丸1日というわけです。
路線バス利用のほうが効率的ですが、ディンケルビュールで荷物預けが難しいゆえ、時間がある方は1泊がいいわけです。