話がよく見えないが

予約は通しでなく２つの予約なのですか？

通しの予約なら予約番号は６桁の物で往復確認出来る筈。
二つの予約なら帰り便は正い予約番号ではないですね。

また予約番号も代理店の管理番号と航空会社の物と２つ
存在し、Ｗｅｂチェックイン等では航空会社の物でないと
通用しません。