大丈夫だと思います。

私もよくスカイスキャナーやその他のサイトで航空券を検索・購入いたしますが「複数航空会社の組み合わせ」とは、出発地と到着地を入力したら旅行会社サイトの方で違う航空会社を組み合わせて1つの航空券として発売しているもの、という認識で大丈夫ですかね？
通常、1枚の航空券として購入しているならば航空会社が違っても荷物はスルーで最終目的地まで運んでくれると思います。そして飛行機遅延で乗り継げなかった場合は次の便に振り替えてくれると思います。
ただし検索の段階でたまに「自己都合乗り継ぎ」という文言の航空券を見かけることがあります。その場合には荷物は経由地でピックアップして再度チェックインと荷物の預けなおしになります。

starsandさんの予約検討している航空券らしきものをスカイスキャナーで検索してみましたが、特に「自己都合乗り継ぎ」の文言もありませんし、マルタ航空名の航空券でも運航はルフトハンザだったらなおさら、1枚の航空券で予約をしたらで間違いなく荷物はリガまでスルーになると思います。

昨年12月にベルリン→フランクフルト（ルフトハンザ）、フランクフルト→羽田（ANA）と乗った際に乗り継ぎ時間が2時間ほどありましたがベルリンからの飛行機がベルリン空港霧のため遅延してしまいフランクフルト到着はANA便出発1時間前を切っていました（規定の最短乗り継ぎ時間を切っていました）その時にはボーディングブリッジの所に係員がいて同じ羽田行や他の接続が危険な国際便の乗客を乗せて空港内をバスで走り途中特別なパスポートコントロールで出国をしてさらにバスで羽田行のボーディングブリッジ下まで連れて行ってくれました。
フランクフルト→リガはシェンゲン内の国内線扱いになるのでフォローはほぼ期待できないとは思いますが、もしマルタからの便が遅れそうな場合には客室乗務員にアピールをしたら少しは気にかけてくれるかもしれません。（私の時は一応地上に連絡しておくわ、とは言ってくれました）
オスロ空港でシェンゲン内乗り継ぎが危なかった時（これも飛行機遅延）にはゲートに行く途中の航空会社のカウンターに寄って訴えたらゲートに電話をしてくれて、待たせたから○番ゲートまで走って！！と言われてダッシュしたこともありました。

もし乗り継ぎが心配ならば事前にフランクフルト空港の地図をチェックして予習をしたら少しは安心かもしれませんね。