弾丸事件は過去にありました。

現在、マニラ在住です。
弾丸事件はフィリピン国内で問題になり、国民自体が大変怒っているので今はなくなったと聞いています。
フィリピンのボクシングの英雄パッキャオも個人の資金で弁護士を雇い窓口を作るなどしたので、今そのような問題を起こす職員はいないと思います。

日本からフィリピンに行く場合は問題ありません。
そもそも日本からフィリピンへ弾丸を持ち込む事自体ありえませんので。

逆にフィリピンから日本に行く時に気を付けて下さい。
手荷物検査の時にやられるって話しなので、弾丸を入れられないようにする事です。

対策ではラップでぐるぐる巻きにする方法が取られています。空港でもそのような有料サービスがありましたが、現在もあるかは微妙です。
その他個人で出来る事はガムテープでポケットなどの口の部分を何重にも目張りする、大きな透明な袋に入れるなど、なんでも良いです。
海外のぼったくりや犯罪と一緒で、わざわざ警戒している人を狙いません。一番重要なのは警戒しているという事をアピールして未然に防ぐ事です。

しかし個人的な意見としては、無駄に貴金属を身に付けない。ブランド物のバッグを使わない。などリゾート地以外での常識を守れば狙われる事はないと思います。

そして英語が分からなくても、日本語でも良いので毅然とした態度を取って下さい。
相手が悪いのに英語が喋れないからと言いなりになったり、苦情を言わないと余計に危険です。
自分に非がないときは、きちんと苦情をいう（日本語でも態度や雰囲気で気持ちは伝わります）。
もちろん間違ったら謝る。など基本的な事を忘れないようにして下さい。