まず台北がいいですよ

横レス失礼します。
本格的な原住民博物館は台北だけです。
九族文化村も三地門の原住民文化園区も建物は忠実に復元していますが、基本は観光施設です。
ですからまず台北の博物館で勉強してから台中に行くといいかと。
展示は極めて充実していて、台湾の原住民に興味がある方はまずここに行きます。

荷物が大きいのですか？
できれば、原住民の村に泊まるのが一番です。台中そばの日月潭湖畔（対岸）のソウ族文化村そばとか。台湾全体ですが、従業員が原住民の宿も多く、そうだとドキドキ感最高潮に。
霧社ではすぐそばの廬山温泉に泊まったので宿があるか分かりませんが。
パイワン族の三地門には泊まりました。
冬に1か月かけて、すべての少数民族の村を訪ねたことがあります。台東沖のタオ族の島、蘭島では冬ゆえ船も小型機も出なくて1週間島流しになったことも。
台中～花蓮の中央山脈横断道路の中間に梨山（2000ｍ以上）という村があり、そのそばにあるタイヤル族の集落環山は景色も素晴らしいですよ。富士山より高い台湾第２の高峰、雪山の登山基地です。観光集落でない1か所ならここがいいかも。
台中、プーリ、霧社、大兎嶺経由で梨山に出て、バスで環山です。台湾到着翌日には着くかと。

台湾中に住んでいるので起点は台中、高雄・台南、台東、花蓮、台北となります。
よって荷物が大きくて移動を最小限にしたい場合は台中、高雄で２，３泊ずつがいいでしょう。