事前にYHとメールでやり取りできないのでしょうか？

他の方も仰っていますが、普通は一度チェックアウトをすることが多いと思います。
日本から予約していくのですよね？
であれば、予約時にYHにメール問い合わせしてみてはどうでしょうか？

一回目の宿泊期間と二回目の宿泊期間を書いた上で、
途中で3泊4日のショートトリップしたいが、荷物を預かってもらえるか？
いくらかかるか？

とメールしておけば、
1日￡○○で預かる とか 荷物は預かれない と返事があるはずです。
荷物は預かれないという返事だったら、周辺に3泊4日で預けられるところがないかを聞き、良いところが無さそうならショートトリップ中もベッドをとるなら荷物を置いておいてもいいかという質問をすれば良いと思います。

メールのやり取りが増えますが、一つ一つ段階を踏んで、箇条書きをうまく使えば簡単な英文でも意図はちゃんと伝わります。(むしろ簡単な英語の方が誤解なく通じて安全かも…)
預かって貰えることになれば、やり取りをプリントアウトして持っていけば、現地でのやり取りも楽になりますよ。

一度チェックアウトするのでも、連泊で荷物だけお泊まりでも、スケジュール変更でも、やりやすいようにされるのが一番です。
ただ、帰ってきたら大騒ぎになっていることだけはないように(英語が苦手なら消火は尚更大変でしょうし)、問題をクリアーにしておくことだけはお忘れなく。

長めの旅行、羨ましいです。
楽しんでくださいね。