繁忙期以外なら大丈夫では？

ご質問と他の方とのやり取りを拝読させてもらったところ、以前に何度も海外旅行に行かれているようなので今さら釈迦に説法かもしれませんが、日本発着の便の場合お盆や年末年始の極端に混む時期以外なら、そこまでナーバスにならずとも当日のチェックインを少し早めにすればまず並び席は確保できると思いますけど。
もちろん、前よりがいいとか絶対に窓側がダメで通路側でないといけないとか並び席以外にも希望があるなら、事前に指定しておくにこしたことはないと思いますが。
これは個人的なイメージですが、最近は質問者さんと同じように楽天トラベルやHISのようなところで航空券を購入されてる方が多いと思いますので、当然その方たちも座席指定はできないのでそうゆう意味でも当日のチェックインで決まる座席のほうが多いような気もします。

うちもいつも利用していますが、ネットの価格重視の航空券は航空会社からしたら１番ランクの低いチケットなわけですからご自身でも「便の内容を普通に確認しただけで購入･･･」と書かれているように取り消しや変更ができなかったり有料だったり、座席指定ができなくても仕方がないということを確認したうえで購入しないといけなかったですね。
もちろん電話対応の係員の態度はどうだったかは分かりませんが、システム自体に楽天トラベルに落ち度はないと思います。