プラハ、ブダペストはすばらしいですよ

＞このパスでドイツはお金かからないのですね！
はい、予約しない限り。列車は全席自由席ですが、予約したければ予約もできるのです。４．５０€で。

＞乗れる電車とは、地上を走ってる電車全てですか？
日本みたいにJRや私鉄みたいにはなってないのでしょうか？

はい、すべてです。青春１８きっぷで地下鉄に乗れないように地下鉄は別払いです。山手線、中央線みたいなSバーンはOKです。
基本全部国鉄かJRみたいな民営化した元国鉄です。スイスは私鉄が多いですが、登山電車以外ほとんど乗れます。

なお、ベネルクスではタリスのみ予約がいて高い予約料金がかかるので乗らないでください。予約不可の特急ICが速くて多発です。ICは特急ですが、ベネルクスでは特別快速か新快速と考えてください。特急は予約も可能だからです。
パリ～バルセロナはパスでの予約枠があるかも知れません。
旅行社でのパス購入時に確認を。
仏のTGVだけはパスでの予約枠があり、現地到着時では取れにくいので、この区間のみ、旅行社で手数料を払い予約してもらう方も多いです。

伊、西、仏では高速列車、特急は要予約ですが、他の列車は全席自由席です。
プラハが素晴らしいので、ウイーン→プラハ→ドレスデン→ベルリンとするのもいいかと。
同様にブダペストも素晴らしいのでウイーン→ブダペスト→プラハもいいでしょう。
削るとすればミラノにぜひ見たいものがなければ、ミラノ、フランク（ここは何もないです）場合によってはミュンヘンも削り、ドイツはベルリンだけで、そこからアムスも選択肢に。
まあ、パスならコースを自由に変えられるので、検索して行きたい街を決めるといいでしょう。