アンコールワットは、3歳連れならおすすめできません。

コタキナバルは行ったことがないので比較ができませんが…
とりあえず、3歳のお子さん連れでアンコールワットはおすすめしません。
遺跡の中は、足場は悪いし、屋根のない部分も多いので日差しがキツイです。
階段部分は親御さんがお子さんをおんぶして…という方法もなくはないですが、お子さんがトレッキングができるくらいの足腰になってから行かれる方が良いと思います。