アユタヤについて

午前4時着のは早すぎると思います。
駅で時間を潰すのは安全面で不安があるので、その時間帯の列車に乗ったなら、バンコクまで行ってしまったほうがいいです。

午前11時アユタヤ着だと、その列車でバンコクまで行ってしまうと、何のかんのでアユタヤに戻ったら午後4時くらいになると思います。
となると、あまり観光する時間が無いと思います。
ま、夜景と両方見られる、という考え方も成り立ちますが。
早めにバンコクに帰りたいのなら、この列車だとアユタヤで降りた方が良いです。

どっちの列車に乗るかで、どうするかほぼ決まってくると思います。

私は6月に自転車で廻りましたが大丈夫でした。
しかし、4月が一番暑いので、5月がどんなものかは分かりません。
現地に着いて、様子を観て決めれば良いのでは。

トゥクトゥクを個人で拾うよりは、旅行代理店(レンタルバイク、自転車屋を兼ねている)で遺跡ツアーを申し込んだほうが安全です。
ツアーといっても代理店と契約してるトゥクトゥクに乗って走るだけなので、同じなんですが。
アユタヤは悪質なトゥクトゥクが多いので要注意です。