ごめんなさい。ブラチスラヴァ経由（通過）は問題ありませんが、途中下車はできないようです

http://rail.arukikata.com/pass/central_europe.html

これでスロバキア鉄道にも乗れることはわかります。

ここでははっきり3区間だけ利用可とは書いてませんが、レイルヨーロッパのHPのには書いてあります。
よってプラハ～ウイーン、ウイーン～ブダペスト、ブダペスト～ブラチスラヴァ経由～プラハのECの3区間に乗車可だと思います。
ヨーロッパの場合、改札口がないので、パスのチェックは車内検札のときだけです。
よって、そのときに有効なパスやきっぷを持参していれば、問題ないと思いましたが、「3区間」とあるのを見逃していました。
実際はブラチスラヴァ中央駅には改札がないので、JRのように途中下車スタンプを押されることはないゆえ、途中下車観光しても理論的には車掌にはわかりません。
ブラチスラヴァ前後の区間で計2回の検札があっても有効なパスを持参しているわけですから。
ただし、同パスの利用は計3区間と規定されているので、正しくはブラチスラヴァ市内及びスロバキア国内は車窓からのみにしてくださいということです。

よって、ブラチスラヴァ市内を観光したい場合はウイーンから列車かバスで往復となります。運賃は安いです。
でも、途中下車ならともかく、別運賃を払ってでも行くべき街かというと議論のあるところです。

クルムロフとハルシュタット日帰りだけなら、▲パス+2か所往復運賃のほうが安いかも知れませんね？　微妙なところですが。
ハルシュタットはぜひ、行きはレオーベン経由の2回乗り換えルートで行ってください。
乗り換えが1回少ないという理由だけで往復リンツ経由を選んでいたら　とゾッとするほどの景色のよさです。

実は1，2年前まではウイーンからハルシュタット日帰り相談に対し、片道絶景のレオーベン・ルートにするよう勧めていませんでした。時間がかなり違うと誤解していたからです。実際は大差ないので、最近はウイーンから半時計回りに一周するコースを勧めているしだいです。

３都では72時間ほどの市内交通乗り放題パスか、それ+観光ポイント入場料が割引、無料？になるセットのカード・パスを買うといいかと。