参考までに

自分は年末年始に北インドを回ったのですが、同じように日本ですべての鉄道のチケットを予約して行きました。
自分の場合は大陸旅遊ですべてお願いしたのですが(料金は倍近く取られます)、アグラ→バラナシの便は少ないらしく、Tundra(アグラ近郊の駅)→ムガルサライ(20時発・翌朝4時着)でチケットをおさえてもらい夜行でゆっくり行くことができました。
ツンドラ駅はアグラ市街からリクシャーで1時間弱といったところです。列車の名前はPOORVA EXPRESS で駅には電光掲示板もあり分かりやすかったです。