知っている部分のみ

1)アユタヤ駅23時着で、市内(ホテル)までの足があるかな?
バンコクのようなタクシーは無いので。
「ホテル」なら、どんな時間でもチェックイン出来ます、ただ遅くなる旨を事前に伝えておきましょう。

2)スコータイ～チェンマイのバス、フリーペーパーで調べた限りでは見付からず。
ただ、グリーンバスというのがあって、各方面に出ているようだがHPがタイ語のみなので理解不能。
飛行機なら所要時間40分、バンコクエアウェイズ、一日2便。925バーツ。　　http://booking.bangkokair.com/birts/en/selectflight.aspx
酷暑の中、遺跡見物してその後バスでチェンマイへ移動、というのは厳しいと思います、飛行機にされては?

3)チェンマイ～バンコクの寝台、ローシーズンで大丈夫とは思いますが、早目に予約(現地友人等に依頼)すべきでしょう。