5万→3万だったですね/保険おりてます。

ごめんなさい。ちゃんと読んでませんでした。
警察で、なすがままに流された、の部分にびっくりして、ここの部分だけに極端に反応してしまって・・・・・。

修理代金総額が3万円のところ、免責2万円だったという話ですね。
odnさんも指摘されてるように、車両保険の免責分だけが請求されてきたのであれば、普通に保険はおりてます。

それにしても、プレート滅失だけで、3万はありえないでしょう。

まだ払ってないですか?
念のため、取り戻す為の大きな期待をもたずに、クレジット会社に不服申立書(電話すればもらえる)を出すだけは出してみたらどうですか?警察の話は当座話さないでおいて、調査だけしてもらって、おかしい請求ということになれば、もしかしたら、いい方向に転がる可能性も残されているかも。