飛行機をすすめます。

私は、個人的には①がベストだと思います。
車の場合、フリーウェイの運転は始めてということを考慮すると、実際には、7時間程度はかかると思っていた方がよいでしょう。また、みどりのくつしたさんがおっしゃっているとおり、5号の景色は単調で、あまり見るべきものありません。ドライブを楽しむのであれば、むしろサンフランシスコを拠点に101号や1号沿いのサンフランシスコからあまり遠くない観光地に往復するプランの方がよいと思います。ただ、長距離ドライブが好きであれば(かつ、東京名古屋ぐらいを一人で運転するのは抵抗感はないという感じであれば)、時間にかなり余裕を持った上で、LA→サンフランシスコだけ、レンタカーにするといい思い出になるかも!!

なお、時差ぼけのなかで長距離走るのはつらいものです。また、サンフランシスコからLAへの移動の場合、最後の1時間は山越えなので、体力的に結構しんどいと思います。
ちなみに、今月、LAからサンフランシスコまでいった際にかかったガソリン代は、往復70ドル程度でした(小型車)。航空券は、他のかたが書かれているとおり、空港をうまく選択すれば、往復100ドル程度で見つかると思います。

ロスアンゼルスは常にレンタカーがあったほうが便利ですが、サンフランシスコの街中をまわる際にはレンタカーはあまり便利ではありません。サンフランシスコを出る日は無理にレンタカーを借りることはないでしょう(どこに宿泊するかにもよりますが)。