Re.KLM便のスキポール空港での乗り継ぎ時間

このトピはいろいろなテーマヘ拡大しているようですが当初の質問に関する回答です。

「乗り継ぎ時間にご注意ください」という案内について

この案内は乗り継ぎ時間がぎりぎりですよ、ということを言っているのではなく、一般的な案内に過ぎないと思われます。しいて言えば、ちょっと中途半端なので注意してくださいといっているものと思われます。
MCTぎりぎりであれば、移動中よけいなこと(飲食、買い物、ウインドショッピング、空港内見学など)をせずできるだけ早めに乗継便に乗ることが求められますし、何時間も余裕があれば場合によっては空港外へ行くことも可能となります。９０分という時間はその中間の時間なので注意して行動してください。という意味で書かれているものと思います。もちろん到着が３０から60分遅れた場合は余裕がなくなりますよ、という意味も含まれているのでしょうが

>イギリスはシェンゲン協定非加盟なので、上記のかなりの時間がかかる場合には該当しないと思われます。

日本語の書き方が必ずしも適切でないため、誤解が生じたものと思います。
乗継は一般的にいうと、国際線(扱いの路線を含む)と国内線(扱いの路線を含む)の相互間またはその間の乗継というように区分され、空港の動線もその区分に従ってわかれています。欧州の場合欧州内の路線に関してはほとんどすべてが国内線扱いになっています。イギリスは確かにシュンゲン協定の域内移動の審査の廃止に関する事項には参加していませんので、シェンゲン協定非加盟という言い方は間違えないのですが、シェンゲン協定加盟国とイギリスの間の路線は欧州内路線として扱われています。
したがって、「かなりの時間がかかる場合がある」には含まれているものです。
といっても現実にはほとんど気になるほどの時間がかかっているわけではありません。よほどのことがない限り、入国審査は待ち時間を入れても5〜10分くらい以内であり受託荷物のある場合でも税関検査はほぼ０分で終わるのが現状です。（ターンテーブルに荷物が出てくるまで少し時間がかかることはありますが。
トピ主さんの場合は、荷物をエジンバラまで預けておけばスキポールで通関する必要はありませんので時間がかかるということは発生しません。乗り継ぐ便が欧州域内線（国内線扱い)の場合シュンゲン協定国であるかどうかをとわず、最初の到着地で入国手続きをします。いわゆる「通過」扱いをするのは国際線に乗り継ぐ場合です。この場合は入国手続きはなしで次の便に乗り継ぐことができます。
スキポールで英国、アイルランド（いずれもシェンゲン協定非加盟）へ乗り継いだ経験がありません。また詳しく調べたわけではありませんので表現方を含めおかしいところがあるかもしれませんが、まあまちがえないのでは、と思っております。

ついでですので、最低乗継時間についてですが、これを乗り継ぐのに最低の時間と理解している方がいるようですが少し違っています。最低乗継時間はいろいろな乗継のすべての組み合わせに設定されているもので、移動に必要な時間のほか、想定内の延着（１５分くらいかと思います）や必ず必要となる手続きに必要な時間及びいくらかの余裕時間を加えて設定され、公示されているものです。乗継のある旅行を計画するとき、どのくらい乗り継ぎ時間があればよいか、と疑問を持たれた場合、ＭＣＴを切るような組み合わせは避けるように、といえますがＭＣＴ以上でしたら特に避ける必要はないものです。もちろん心配症の方が長い乗継時間をとるのは自由なのですが、あえて標準というのならばＭＣＴ以上の時間ということしか判断基準は存在しないと思っております。
ＭＣＴは公示された公式のものですが、他にこのようなものが存在しないからです。
航空会社のほぼ統一されている発券に関する規則では、ＭＣＴを満たしていない乗継がある場合、いわゆる通しの航空券は発券できないことになっています。また、受託荷物の運送に関して、航空会社間の運送に関する協定に加入している場合でも、ＭＣＴを満たしていない乗継がある場合荷物を通しで預かってはもらえません。