最終決断しようと思います。

Labasさん、元添さん、ありがとうございます。

元添さんに書き込んで頂いたVaran社のバス、最高です！
。。。しかし、わたしが本当に馬鹿でした。
というのも、既にこの問題のウィーン→イスタンブール間以外は、交通機関も宿も殆ど予約・購入済みなのです。
私がウィーンを発ちたいのは火曜日です。
一日程度ならずらせるのですが、それ以上のずれとなるとウィーンもしくはイスタンブールどちらかをあきらめざるを得ず、それでは元も子もありません。
Varan社は毎週金曜のみということで、本当に悔しいのですがあきらめざるを得ないようです。。。
しかし、このバスを期待して行っていたら大変なことになってましたね。
情報、ありがとうございます。

もう一つ、Ulusoy社というトルコのバス会社が長距離国際路線を出しているようなのですが、ミュンヘン発イタリア周りの路線のようで、やたら遠回りなんじゃないかと思い、あまり興味は引かれませんでした。

そこでやはり飛行機を調べました。
LabasさんのおっしゃっていたSTA travelのオーストリアサイトを発見しました。
http://www.statravel.at/
英語版がないようでちょっと心許ないのですが、ウィーン→イスタンブール（トルコ航空）で173ユーロでした。

フランスの格安旅行会社総合検索サイトがあるのですが、
http://www.voyagermoinscher.com/
いくつかの会社がこの路線を取り扱っているようで、最も安いのがAnywayという旅行会社でした。同じくトルコ航空で173ユーロでした。

理想的な路線ですし、なにしろ3時間で着いてしまう。
ここは安心と時間の節約を考えて、飛行機にしようと思います。
フランス語でしたら自分としても心強いですので、このAnyway社にて航空券を買おうと思います。

Labasさんのおっしゃるプラハ発着、GTSで検索したところやはりウィーン発着より若干安いようです。
しかしいかんせん先回りしすぎてしまったので、ウィーンとプラハの訪問順を変えるのであればいろいろキャンセルしなければならず、もちろんキャンセル料も発生。。。
大きな差額ではないので、やはり上記の航空券にします。

御意見くださった皆さん、いろいろな情報すごく助かりました。
条件を二転三転しては嫌な気分にさせてしまったかもしれませんが、本当にここに書き込んでよかったです！
本当にありがとうございました。