私の想像ですが

私は成田が近いので関係ないですが、良く成田発のツアーに参加する北海道や九州等から国内線で来る場合に、
幾ら追加と書かれている事があります。

その場合に普通に個人で成田までの航空券を買う値段よりツアー参加者の料金は安かったと思います。
それを申し込むのは皆さんがすでに仰っているように正確に伝えて支払わなくてはいけませんが。

なお私もたまに利用した事がありますが、出発前日に旅行会社の契約した成田のホテルにツアー名と出発便を言って割安に泊りました。

タダ黙っていては国内便の手配やホテル手配を旅行会社がやってくれるわけではないです。
ホテルの場合は自分でホテルにツアー名を言って自分で予約してくださいと、申し込みパンフレットか何かに書いてありました。