話がずれているかも

>「福岡発着でお願いしているはずなのですが・・・」と電話しました。

これがどのような会話で行われていたのか、旅行会社の話もうかがってみたいものですね。ひょっとしたらstkさんの、お話があいまいであったかもしれません。
　とにかく他の人がおっしゃるように予約確認書を送られてきて、入金したら、stkさんが旅程に関して全面的に確認したことになるのでは?

　私は旅程を必ずメールで送ってもらいます。それを隅々確認しての入金です。時に名前のスペルが間違っていることもある。

　私は日本にいたとき、時々電話依頼の際、録音します。とくにお役所関係は録音するようにしていました。次回からは電話の際、録音することを薦めます。アメリカではあらかじめ録音していることを相手に知らせる必要がありますが(言わなければ証拠としては認められない)、日本ではどうなっているのか知りません。