全く問題なし

羽田で往復のチェックインしていれば、全く問題ないと思います。

所謂「修行」の場合によく行われています。
ボーディングパスを提示して搭乗ゲートの係員に告げれば、入れてもらえます。「逆流」ですね。
仮にチェックインしていなくても、eチケットを提示すれば、その場でチェックインも可能と思います。

羽田行きが同じ航空機の折り返しの便でしたら、全然心配ないと思います。

羽田行きが異なる航空機の場合で到着が遅れた時でも、乗継時間が45分ありますのでルール上は問題ないと思います。
その場合は呼び出し放送されるリスクがありますが、仮に間に合わず搭乗できなくてもANAが適宜、対応する筈です。