2014年現在でも

まだパスポートの提示義務はあります。
現在は滞在中パスポートを預かるというのは少なくなりましたが、ベトナム人やその他の国問わず宿泊の際には公安への届出が義務化されております。
ゲストハウスなどで後払いのホテルですとパスポートを預かります。

個人旅行でホテル付で航空券をとった場合は、チェックイン時間短縮のためにパスポートのコピーをとります。

団体旅行の場合は通常チェックイン時間を短縮するため、大手だろうが小さい旅行会社であろうが現地旅行会社が事前にパスポート情報をホテルに提出しているのでホテル着後の提示が不要になります。
今回の場合、旅行会社側がパスポート情報の提出を怠った為に現地でパスポートの提示を求められたのだと思います。

他の国とは違うためパスポートを提示、預ける事に抵抗のある方が多いですがベトナムは社会主義国です。
原則ベトナム人でも自分の家以外に泊まる際には公安への届出が必要になります。そんな真面目な方はいないですが。