了解しました。

新幹線に乗るという目的も果たせますし、ご記載の旅程で素晴らしいと思います。
台南朝到着でも散策したりしてれば時間を持て余すことはないです。

私も以前２泊３日で、初日夜に九分、翌日台南日帰り、３日目はそのまま早朝に帰国という旅程で行ったことがあるので、
３日目を有効に使えるのはとても大きいと思いました。
また、九分はやはり昼に見たかったなぁ、、と思いましたのでそのご選択も正解でしょう。

ぜひ楽しんできてください。