列車でザグレブへ、バスでプリ湖経由ドブロブニクが効率的

ドブロブニクへの空路が高いようですが、ウイーンから列車＋バスでも行けますよ。
ウイーンを１６時ころの特急EC(予約不要)でザグレブ着２２時半ころ。泊

朝のバスでプリトビツェ湖へ、１０、１１時ころから１５,１６時ころまで観光、泊。
湖発朝のバスで午後遅くから夕方にはドブロブニクに着きます。
帰路は空路ザグレブへ。

プラハもウイーンと同じ大都市ですから、大都市を避けるならプラハもカットすることになってしまいます。
拠点として寄る程度と考えればいいかも知れません。

プラハ、クルムロフ、ウイーン、ザグレブと一筆書きに移動するほうが移動時間が最小限で済み、効率的ですよ。