レンタカーありかなしかで…

レンタカーで回られるのでしたら、空港周辺なども選択肢に入るかと思います。
あとは１０１（ロンバードストリート）沿いにもモーテルがありますし、
橋を渡った反対側（サウサリート、あるいはバークレー、エメリービル、オークランド）にも
いいところはありますよ。

ダウンタウンは他の方もおっしゃっているようにホテルレートが本当に高いです。
公共交通機関でしたら、ユニオンスクエアが最も便利、
回りたいところをみるとフィッシャーマンズワーフ近辺に集中しているようなので、
そのあたりでもいいかもしれません。しかしやはり高いです。
フェリービルディング近くもあります。

ノブヒルは素敵なホテル、ゲストハウスも多くもちろん最高級のホテルもあります。
…しかし急な坂が私にはきついためそのエリアで宿泊したことはありません。

穴場ではジャパンタウン…やや不便と思われがちですが、
Muniバスは頻繁にあり、ユニオンスクエアからもそんなには遠くはなく。
そしてホテル代は少し安いです。

お土産はギラデリチョコレートが定番ですが、空港やピア39などのショップではなく、
Walgreen'sやその他のスーパー、ドラッグストアで買ったほうがずっと安く手にはいります。
もしたくさん必要であればスーパー等で買うことをお勧めしますが、
限定品や新製品の詰め合わせなどが欲しいのであれば、空港等の方が手に入りやすいです。

観光地のお勧め…何がお好きかによるので難しいですが…
博物館、美術館がお好きならゴールデンゲートパークやプレシディオあたり
景色も緑も楽しめて散歩もできます。
個人的にはプレシディオにあるディズニー・ファミリー・ミュージアムが好きです。